Spoločnosť PENAM SLOVAKIA, a.s. je silne orientovaná na zákazníka a venuje kvalite svojich výrobkov mimoriadnu pozornosť. Systém kvality v spoločnosti zabezpečuje a udržuje Úsek riadenia a kontroly kvality.
Okrem systému kritických bodov HACCP, ktorý musí mať podľa zákonných požiadaviek každý výrobca zavedený, má spoločnosť PENAM SLOVAKIA, a.s. na prevádzkach mlyn Trnava, mlyn Ivanka pri Nitre a na centrále spoločnosti zavedený a certifikovaný systém ISO 22 000. Certifikovanými prevádzkami na IFS štandard sú Nitra, Prešov, Žilina a Bratislava.